Prokaryot ve ökaryot hücreler temel özellikleri bakımından benzerdir. Her iki hücre yapısında da hücre zarı, organellerin yer aldığı sitoplazma sıvısı ve kalıtım materyalleri bulunur.
Bununla birlikte bazı yönlerden bu hücreler birbirlerinden farklılık gösterir.
Ökaryot hücrelerde DNA çekirdekte yer alır. Prokaryotlarda ise DNA’yı sitoplazmadan ayıran bir çekirdek zarı ve çekirdekçik oluşumu yoktur.
Prokaryot DNA’sı ökaryot DNA’sının sahip olduğu histon tipi proteinler Arkebakterilerde mevcut iken bakterilerde bulunmaz.
Ökaryotlara oranla prokaryotların genomları daha basittir. Prokaryotlardaki DNA miktarı ökaryotlardakinin yaklaşık 1/1000’i kadardır. DNA proteinleri ökaryot hücrelerinkinden farklılık gösterir. DNA molekülü ökaryotlarda doğrusal, prokaryotlarda halkasal yapıdadır.
Prokaryotlar genetik yapı olarak haploid yani monoploid canlılardır. DNA’larındaki G – C çifti sayısı ökaryotlara göre daha fazladır.
Prokaryotlarda, hücre DNA’sına ilave olarak küçük halkasal yapılı extra DNA parçacıkları bulunur. Plazmit adı verilen bu parçacıkların bulunup bulunmaması ya da sayısı hücreden hücreye değişkenlik gösterir. Plazmitler çoğunlukla antibiyotiklere karşı direnç sağlarlar.
Ökaryot hücrelerde zarlı organeller bulunurken prokaryotlarda zarlı organel yoktur. Fotosentetik prokaryotların klorofili zarla çevrelenmemiştir.
Prokaryotlara yaşamın olduğu her yerde rastlanabilir. Bu durum, onların metabolik faaliyetleri gerçekleştirebilme açısından çok çeşitli olmalarına bağlıdır.
Bütün bakterilerde hücre zarının üzerinde peptidoglikan yapılı hücre duvarı bulunur. Hücre duvarı hücreye şekil verir ve dış etkenlerden korur. Hipotonik ortamlarda hücrenin patlamasını engeller. Ancak prokaryotlar hipertonik ortamda plazmolize uğrayıp ölebilir. Tuzlanmış etlerin bozulmadan uzun süre saklanabilmesinin nedeni budur.
Prokaryot hücrelerin çoğu, hücre duvarının dışında yer alan ve kapsül adı verilen yapışkan bir tabakaya daha sahiptir. Kapsül, organizmanın yüzeye yapışmasını sağlamanın yanında hastalık yapma yeteneğini de artırır.
Prokaryotların çoğu hareketlidir. Bu hareket genellikle kamçıyla sağlanır. Ancak prokaryotların kamçı yapısı ökaryot hücrelerinin yapısından farklıdır.
Hücre içindeki yaşamsal olaylar özelleşmiş organeller yerine hücrenin sitoplazmasına dağılmış enzimler tarafından yürütülmektedir. Prokaryotlar hızlı üreme ve adaptasyon yeteneğine sahiptir. Hızlı üreme yeteneklerinin olmasında hücre yapılarının çok küçük olması ve sahip oldukları hücre yüzeyi ile dış ortamdan madde alış verişinde zorlanmamaları etkilidir.
Uygun koşullarda eşeysiz ürerler. Ökaryot canlıların yaşaması için uygun olmayan fazla soğuk, sıcak, asidik ya da bazik ortamlarda prokaryotlar yaşayabilir.